كخيار أول انصح مرضاي بالخضوع لتنظير القولون كفحص أكثر دقة والذي يسمح بإزالة الزوائد اللحمية أثناء الفحص نفسه.ولكن هناك العديد من الحالات التي يكون فيها من غير الممكن أو ليس من المفضل فيه إجراء تنظير القولون، مثل:1. مرضى الجهاز الرئوي (الربو ومرض الانسداد الرئوي COPD المزمن وغيرهما)2. مرضى انقطاع النفس النومى SLEEP APNEA ) ) الذين يحتاجون إلى جهاز C PAP.3. المرضى الذين يتلقون مميعات الدم التي لا يمكن إيقافها.4. المرضى الذين يعانون من القولون الطويل الملتوي الذي من غير الممكن عمل فحص القولون بشكل كامل عن طريق تنظير القولون.5. المرضى الذين يعانون من مشاكل بجهاز العظام أو غيرها من المشاكل التي لا تسمح للمريض بالاستلقاء أثناء تنظير القولون.6. المرضى الذين يعانون من خوف الفحوصات والعمليات الجراحية التي تحتاج الولوج الى داخل الجسم. ولكن من ناحية أخرى، هناك أيضًا حالات لا يكون فيها اختبار الكبسولة مناسبًا مثل:

1. المرضى الذين يعانون من صعوبة بلع الحبوب.
2. مرضى بعد جراحة لإنقاص الوزن.
3. بعد جراحة بالأمعاء الدقيقة.
4. المرضى الذين عانوا من حالات انسداد بالأمعاء الدقيقة.
5. المرضى الذين يعانون من جهاز تنظيم ضربات القلب أو مزيل الرجفان.

تنظير القولون الافتراضي أيضًا يستثني بعض الحالات الطبية التي لا ينصح بوجودها القيام بالفحص.

للتلخيص:

 كل واحد من فحوصات القولون له مزايا وعيوب. ولكل مريض طريقة مثلى بحسب وضعه لإجراء فحص القولون، بالاعتماد بشكل أساسي إذا كان يعاني من امراض معينه ولكن أيضًا بحسب اختياره الشخصي.

بغض النظر عن طريقة الفحص التي تختارها، فإن الأهم هو إجراء الفحص!